Prvo istraživanje uz pomoć Plavog genaCitat:
Prvo istraživanje uz pomoć Plavog gena
Istraživači iz IBM-ovog istraživačkog centra T.J.Watson i Univerziteta Wabash zajednički su objavili rezultate prvog istraživanja obavljenog uz pomoć superkompjutera Plavi gen (Blue gene/L).
Autori projekta istraživanja dinamičkih molekularnih simulacija su Frenk Sjuts, Majkl Pitman i Alan Grosfild iz IBM-a i Skot Feler iz odeljenja za hemiju Univerziteta Wabash. Koristeći postojeće komponente superkompjutera Plavi gen (dosada je instalirana približno polovina sistema), istraživači su uspeli da više od šest puta produže vreme potrebno za obavljanje dinamičkih molekularnih simulacija. Istraživači su simulirali međusobno dejstvo molekula rodopsina i dvoslojnog sistema izgrađenog od holesterola i dva druga lipida. Simulacija je trajala 118 nanosekundi, znatno duže nego kod prethodnih simulacija koje su uobičajeno trajale oko 18 nanosekundi. Rezultati istraživanja objavljeni su u časopisu Američkog hemijskog društva, u članku "Uloga holesterola u višestruko nezasićenim lancima lipido-proteinskih interakcija: Molekularna dinamička simulacija rodopsina sa realnom membranom".
U svom komentaru obavljenih istraživanja, Ažaj Rojuru, stariji rukovodilac Računarskog biološkog odeljenja u centru J.T.Watson, opisao je obavljene računarske simulacije kao "dostignuće bez presedana". Po njegovim rečima, tek je novi superkompjuter, snažniji nego bilo koji sistem dosada korišćen, omogućio istraživačima da obave ovako složeno modeliranje. Duže vreme simulacije i složeniji modeli omogućavaju istraživačima da steknu znatno realniju sliku međusobnog dejstva biohemijskih jedinjenja. U prirodi, biološke membrane obično sadrže različite lipide, holesterole i proteine. Rezultati istraživanja sugerišu da organizmi menjaju strukturu lipida u svojim membranama da bi modulirali funkciju proteina. Primer za to su štapičaste membrane mrežnjače, čiji se broj u višestruko nezasićenim lipidima povećava, kao i holesterol prošaran rodopsinom, proteinom koji deluje kao fotoreceptor. "Detaljno proučavanje međusobnog dejstva tih komponenti, ključno je za razumevanje biologije tog sistema", kaže Rojuru.
Frenk Sjuts, biolog iz centra J.T.Watson, kaže da će sposobnost Plavog gena da obavlja složenije modeliranje nego dosadašnji superkompjuteri, znatno unaprediti laboratorijska eksperimentalna istraživanja. Po njegovim rečima, za ranija istraživanja je korišćena softverska aplikacija Blue Matter (plava materija), koja je razvijena za Plavi gen, ali na znatno slabijim IBM-ovim serverima. Na tim serverima su istraživana međusobna dejstva dvoslojnih lipida pri čemu je korišćen uzorak od 12.000 atoma, dok je kod najnovijih eksperimenata Plavi gen omogućio istraživanje međusobnog dejstva holesterola i dvoslojnih lipida, na uzorku od 43.000 atoma.
Projekat Blue Gene/L ima za cilj stvaranje superkompjutera najmanje 15 puta bržeg i 15 puta moćnijeg od današnjih najbržih američkih superkompjutera, koji će pritom zauzimati samo pedeseti deo prostora. Superkompjuter će biti kompletno instaliran do kraja ove godine, a očekuje se da će dostići brzinu od 360 teraflopsa (360 biliona operacija u pokretnom zarezu u sekundi). (G.B.)
http://www.b92.net/info/vesti/...05&dd=25&nav_id=169202
Istraživači iz IBM-ovog istraživačkog centra T.J.Watson i Univerziteta Wabash zajednički su objavili rezultate prvog istraživanja obavljenog uz pomoć superkompjutera Plavi gen (Blue gene/L).
Autori projekta istraživanja dinamičkih molekularnih simulacija su Frenk Sjuts, Majkl Pitman i Alan Grosfild iz IBM-a i Skot Feler iz odeljenja za hemiju Univerziteta Wabash. Koristeći postojeće komponente superkompjutera Plavi gen (dosada je instalirana približno polovina sistema), istraživači su uspeli da više od šest puta produže vreme potrebno za obavljanje dinamičkih molekularnih simulacija. Istraživači su simulirali međusobno dejstvo molekula rodopsina i dvoslojnog sistema izgrađenog od holesterola i dva druga lipida. Simulacija je trajala 118 nanosekundi, znatno duže nego kod prethodnih simulacija koje su uobičajeno trajale oko 18 nanosekundi. Rezultati istraživanja objavljeni su u časopisu Američkog hemijskog društva, u članku "Uloga holesterola u višestruko nezasićenim lancima lipido-proteinskih interakcija: Molekularna dinamička simulacija rodopsina sa realnom membranom".
U svom komentaru obavljenih istraživanja, Ažaj Rojuru, stariji rukovodilac Računarskog biološkog odeljenja u centru J.T.Watson, opisao je obavljene računarske simulacije kao "dostignuće bez presedana". Po njegovim rečima, tek je novi superkompjuter, snažniji nego bilo koji sistem dosada korišćen, omogućio istraživačima da obave ovako složeno modeliranje. Duže vreme simulacije i složeniji modeli omogućavaju istraživačima da steknu znatno realniju sliku međusobnog dejstva biohemijskih jedinjenja. U prirodi, biološke membrane obično sadrže različite lipide, holesterole i proteine. Rezultati istraživanja sugerišu da organizmi menjaju strukturu lipida u svojim membranama da bi modulirali funkciju proteina. Primer za to su štapičaste membrane mrežnjače, čiji se broj u višestruko nezasićenim lipidima povećava, kao i holesterol prošaran rodopsinom, proteinom koji deluje kao fotoreceptor. "Detaljno proučavanje međusobnog dejstva tih komponenti, ključno je za razumevanje biologije tog sistema", kaže Rojuru.
Frenk Sjuts, biolog iz centra J.T.Watson, kaže da će sposobnost Plavog gena da obavlja složenije modeliranje nego dosadašnji superkompjuteri, znatno unaprediti laboratorijska eksperimentalna istraživanja. Po njegovim rečima, za ranija istraživanja je korišćena softverska aplikacija Blue Matter (plava materija), koja je razvijena za Plavi gen, ali na znatno slabijim IBM-ovim serverima. Na tim serverima su istraživana međusobna dejstva dvoslojnih lipida pri čemu je korišćen uzorak od 12.000 atoma, dok je kod najnovijih eksperimenata Plavi gen omogućio istraživanje međusobnog dejstva holesterola i dvoslojnih lipida, na uzorku od 43.000 atoma.
Projekat Blue Gene/L ima za cilj stvaranje superkompjutera najmanje 15 puta bržeg i 15 puta moćnijeg od današnjih najbržih američkih superkompjutera, koji će pritom zauzimati samo pedeseti deo prostora. Superkompjuter će biti kompletno instaliran do kraja ove godine, a očekuje se da će dostići brzinu od 360 teraflopsa (360 biliona operacija u pokretnom zarezu u sekundi). (G.B.)
http://www.b92.net/info/vesti/...05&dd=25&nav_id=169202
