Neznam koji je linux u pitanju ali za administarciju mozes da koristis webmin
http://www.webmin.com/
osim toga mozes na linux masini da pokrenes servis http vnc (tako nekako) tao da mozes sa indows masine da pristupis iz iexplorera.
A sa vnc viewerom mozes da pristupis mahini koja je pod linuxom (ako je na linux mahini startovan vnc) tako sto kucas ip adresu mahine i dve tacke broj displaya npr 192.168.1.10:0.
Ako imas konkretno nesto da te muci javi