ne vidim gde je ovde pitanje vezano za mysql?
- ako hoces da ti tri aplikacije koriste istu bazu korisnika - stavi korisnike u jednu bazu i koristi ih odatle
- ako bas hoces da ih razdvojis, kada "aktiviras" korisnika, kreiraj ga na svih xyz baza
za "domene vs direktorijume" - ako su isti sajt a razlicite sekcije onda bolje direktorijumi, ako su razliciti sadrzaji kompletno onda stavi poddomene, opet, to je SEO prica, sta hoces da postignes / sta je cilj .. asto se "lakse" tice, isto ti je i jedno i drugo, nema neke velike razlike